崩塌神庙是古墓丽影暗影中一个颇具挑战性的古墓，位于灰岩坑区域。这个古墓的核心解谜机制围绕西班牙战船展开，需要玩家运用绳索箭矢、攀爬和机关操作等多种技能才能顺利通过。进入崩塌神庙后，首先需要做好战斗准备，杀死敌人后用枪打碎前方封堵的木板，从缝隙钻进去。从左侧高台往上走，穿过水道来到一处转轮处。这里需要潜入水中，将卡住转轮的木条撬开。上岸后用绳索箭矢将转轮和岸上的转盘连接，通过转盘将转轮缺口位置旋转至下方，这样就可以从水下通过了。从水下穿过旋转的转轮，一直向前游，上岸后注意前面有陷阱，需要割断绳子。
接下来会遇到一个水池区域，这片水域有海鳗鱼和食人鱼，需要利用水域里的水草进行躲避。沿着左前方前进，游过旁边的洞口后上岸。来到另外一个水池，水池上方有一个绳柱，需要用绳箭射向绳柱并拉断。拉断后左边的石门会开启，出现一个通道。进入通道后从上面的通气口翻进去，进入有食人鱼的水域，从指定洞口游出去。
之后需要剪短连接木筏的绳子，并快速上到木筏上。利用木筏往右边的墙壁上攀爬，解锁泛洪区营地。从前方的木梯一直往上爬，进入圣胡安教会古墓主体部分。沿着路径通过木筏一路往前跳，跳过两个木筏后，需要快速剪断前面拴住木筏的绳子，这里动作要快，否则会被食人鱼攻击。剪断前面的木筏后跳上旁边的台子。
最后来到关键的水车机关处，转动转盘使水柱移动。将水柱移动到右边的木箱位置，水柱冲击木箱使其下沉，水位下降后左边会浮现出一条小路。通过小路走到前面的绳柱处，完成最后的解谜。需完成崩塌神庙后不能直接传送离开，必须原路返回至入口处的营地。
