古墓丽影暗影中共有九个支线古墓挑战，每个古墓都包含独特的谜题设计和机关机制。圣胡安教会古墓需要通过三十四个步骤完成解谜，其中涉及绳索箭矢的使用和重物平衡系统。镜子古墓的核心机制是光线折射，玩家需要调整四面镜子的角度将阳光反射到特定柱子上，当所有柱子被照亮后中间平台会出现通路。隐秘之城古墓的机关布局更为复杂，四周的移动机关与中央三个光照接收器形成联动系统，正确的操作顺序是左起第一个机关接受光照，后两个保持关闭状态。
冥界之门古墓采用吊车与木箱联动设计，玩家需要先顺时针转动中央装置对齐上方绳索，建立初始通路后前往对面平台操作吊车。关键步骤在于将木箱与第一个机关通过绳索连接，利用反作用力创造跳跃时机。太阳神庙古墓的火焰机关需要分阶段处理，首先激活右侧风向开关使垃圾堆摆动，然后用绳索箭矢改变其运动轨迹撞击障碍物。第二阶段需关闭当前风向开关并开启第三个，利用风力扑灭火焰打开最终通道。
冰船古墓的谜题围绕石磨与绳索的力学关系展开，转动初始轮盘建立绳索连接后，推动石磨会产生时间差机制。玩家必须在绳索断裂前完成跳跃动作，这个时机约在石头回摆的中段位置。部分古墓设有双重验证机制，如需要先完成环境互动才能激活主机关，这种情况下生存本能技能会高亮关键交互点。所有古墓通关后都会奖励特殊技能点或装备图纸，这些奖励对后期战斗和探索具有实质性提升作用。
库阿克雅库古墓采用十步解谜流程，重点在于观察水流的动态变化与机关触发时机。审判凝视古墓包含三层防护机制，玩家需要依次停止三个旋转的火盆手臂，每个手臂对应特定开关位置。操作时需注意隐蔽的地面陷阱，在专注模式下这些陷阱会显示红色警示标记。天平古墓运用物理学杠杆原理，通过调整两端重物的悬挂位置改变平台倾斜角度，最终使跷板直立形成攀爬梯。古墓内部的物理引擎表现具有高度拟真性，绳索摆动轨迹、水流冲击力和物体碰撞效果都遵循真实物理规律。谜题设计普遍采用多层嵌套结构，表面机关往往与隐藏机制存在逻辑关联。部分场景需要组合使用钩斧攀爬与绳索箭矢，这种复合操作要求玩家对工具切换保持熟练度。
