游戏中的主线并非传统的线性任务列表，而是一系列环环相扣的生存挑战、探索目标和终极Boss战，它们共同构成了游戏的核心进程。完成主线任务可以解锁更多的游戏内容、获得丰厚的奖励，并推动剧情发展，最终目标是揭开方舟的秘密并实现飞升。
游戏中的主线任务以多种形式呈现，主要包括探索、建设、狩猎、驯服繁殖和升级等环节。初期玩家会接触到你祖先的知识这类寻找散落在地图各处的图鉴的任务，完成可获得双倍经验奖励。还有狩猎系列任务，要求玩家击杀指定的生物；以及新鲜的早餐等教学性任务，指导玩家制作恐龙饲料以加速驯服过程。这些任务为玩家的生存与发展提供了基础指引和目标。
主线剧情的触发与推进是自然而然的。玩家创建角色并进入游戏世界后，主线任务目标通常会显示在界面中。玩家通过探索地图、提升科技水平、驯服更强生物来逐步获得挑战主线Boss的资格。游戏的主线剧情跨越多个DLC地图，其公认的顺序为：始于孤岛，接着是焦土、畸变、灭绝，最后是创世纪第一部分和第二部分。每一张地图都承载着一段独特的剧情和最终挑战。
挑战并击败各个地图的守护者Boss是主线任务的核心高潮。在孤岛地图，玩家需要依次击败育母蜘蛛、金刚和喷火龙这三个Boss，最终面对孤岛的监察者。这些Boss并非直接存在，而是需要玩家收集散布在危险矿洞中的神器，以及特定的生物祭品，在对应的祭坛进行召唤。每个Boss都拥有独特的技能和高额血量，挑战前需要充分的战前准备，包括组建强大的恐龙队伍、制作高级装备和武器。
