星系扫描任务是第二银河中重要的探索玩法，玩家需要通过科研中心研发并解锁星系扫描器技术。完成技术研发后，可在特定星域部署扫描器对周边区域进行全面扫描。扫描过程会引发不同响应和结果，因此需要提前储备足够资源并确保舰队处于最佳状态。扫描任务主要分为研发扫描器、资源准备、选择目标、部署扫描、数据解析和后续行动六个步骤。
扫描器的部署需要根据星图选择具有高研究价值的星系，这要求玩家对星图分布有充分了解。部署后需等待扫描完成，获得的数据需返回基地数据中心进行解析。解析结果可能揭示新资源点、隐藏任务或特殊星系事件。根据解析结果，玩家可采取开采资源、探索遗迹或应对外来威胁等行动。
定向扫描器是执行扫描任务的核心装备，分为引力波、电磁波和放射波三种类型，分别对应不同信号源。引力波扫描器用于定位富矿小行星带，电磁波扫描器可发现海盗训练基地，放射波扫描器则能探测舰船残骸。扫描器等级越高，定位精度越高，高级扫描器能有效减少跃迁偏差。星系人口活跃度会影响信号数量，高活跃度区域可能出现扫描不到信号的情况。
任务风险主要来自扫描过程中的战斗环节，特别是海盗藏身处事件需要击败敌人获取奖励。舰船残骸事件只需靠近交互即可获得报废元件，矿石开采则需要合适尺寸的舰船进行操作。建议优先选择高富饶度星系进行扫描，这些区域更容易出现高等级事件。扫描任务每日限制次数，单个星系每天只能触发一次特定事件。智能病毒感染是星系扫描中的特殊机制，感染度随时间增长至100%后会触发决战事件。感染状态下星系会出现高难度高回报的感染任务，完成任务可降低感染度。
