组织争霸赛是每月一次的大型团队PVP活动，参与条件为组织等级达到3级且上周累计组织密令达到90个。报名时间为每月最后一个星期五前的周一0点至周四21点，系统将根据报名组织的战力排名，取前16名获得本服争霸赛资格。参赛成员需在报名截止前5天加入组织，否则无法参与当届比赛。本服争霸赛于每月最后一个周六21点开始，采用小组赛制，16个组织分为4组进行淘汰，胜者晋级决赛；跨服争霸赛则在本服结束后下一周的周五21点开启，仅限本服冠亚军组织参与。
首领需在开赛前5分钟调整成员出战顺序，系统将根据排序让双方同序列玩家自动匹配对战。每场同时进行4组战斗，败者由下一位成员顶替，最终以剩余存活人数判定胜负。初始每人可连胜2场，消耗金币可额外购买1次胜利次数。战术上需注意高战成员优先配置在前列，中低战成员通过调整位置避免被对手高战连续消耗，同时合理利用通灵兽和奥义点重置的规则。
奖励方面，冠军组织可获得三代火影猿飞日斩碎片、高招券及专属称号争霸の王者。未参赛玩家可通过支持功能押注冠军组织，成功预测可获得金币回报。跨服赛奖励更丰厚，但需注意本服与跨服赛事期间不可更换组织，否则将丧失参赛资格。活动强调团队协作，组织活跃人数和战术配合往往比单纯战力差距更重要。
爆发型忍者如秽土三代、雷影适合快速突破防线，而长门、晓蛇等需依赖操作技巧。首领应提前收集对手情报，针对性地调整出战顺序。若双方战力接近，可通过低战喂高战战术消耗对方核心成员，或利用羁绊加成提升整体表现。比赛全程需保持在线，5分钟未进入活动界面将自动判负。
该玩法通过赛季制循环展开，需长期积累组织密令和战力。建议日常完成叛忍突击、小队突袭等组织任务以维持密令数量，同时定期优化成员构成，确保参赛时能达到满编状态。跨服阶段更考验服务器整体实力，需提前研究其他服务器的常用战术和忍者偏好。
