要开启清籁丸下方的石洞入口，首先需要完成船体上层的机关解密。在清籁丸沉船的甲板区域可以找到四个带有指针的机关装置，这些机关的特点是每个指针都有两处稍长的边。解密的关键在于将四个机关的稍长边两两相对，最终围成一个完整的长方形。完成这个步骤后，船体某处的木板会破碎，露出通往下一层的入口。建议先获取附近的雷种子，为后续探索做好准备。
进入沉船内部后，沿着左侧通道前进并通过楼梯向上，会遇到一个雷元素屏障。使用之前获得的雷种子可以破除屏障继续深入。在船舱内部开启宝箱能获得一把锈蚀的钥匙，这把钥匙是后续解谜的重要道具。跟随出现的仙灵移动，途中会经过雷神瞳收集点，注意不要遗漏。继续跟随仙灵来到第二处机关房间，这里需要再次调整四个指针形成长方形排列，方法与甲板机关完全一致。
完成船舱内部的机关解密后，会出现通往船底洞口的通道。另一个进入石洞的替代路线是从清籁岛右侧山顶的传送锚点出发，山顶存在一个隐藏的地洞入口，可直接通往船底区域。若选择从沉船内部进入，需要使用之前获得的锈蚀钥匙打开铁门。门后是继电石解谜区域，需要收集三块继电石并完成电路连接才能完全开启石洞。
继电石的获取需要利用船尾的雷传送门。第一块继电石位于被雷属性碎石堆封锁的区域，击碎岩石即可获得。第二块需要通过雷种子结界获取，在拿到第一块继电石后返回传送门，携带雷种子向上攀爬进入结界。第三块继电石同样需要雷种子，通过调整传送门方向快速进入对应结界获取。三块继电石集齐后，按照特定位置摆放形成完整电路连接，最终会触发机关打开石洞深处的闸门。
