九五版中的叠种操作是一种高效利用格子空间的进阶技巧，其核心在于利用特定植物的交互机制实现多植物共存。必备条件是拥有逃脱树根和咖啡豆两种植物，操作时需将咖啡豆种在目标植物上（如原始豌豆射手），随后立即使用逃脱树根进行交换，两株植物会短暂重叠。成功后需在原逃脱树根位置补种新植物（如玉米投手），再通过移动实现玉米加农炮等高级叠种组合。需无尽挑战中单个格子仅允许存在一株植物，且关卡切换时重叠植物会随机消失一株。
叠种技巧对手速和时机把握有较高要求，尤其在杂交版中体现更为明显。向日葵与豌豆射手的叠加需快速完成两次拖拽操作，间隔超过1秒极易失败。冰属性植物如冰冻豌豆与猫砂盆的组合能实现范围减速效果，但叠加后的冷却时间会显著延长。小喷菇作为零成本植物，可通过在其花盆内种植其他植物实现简易叠种，适合新手练习基础操作。不同叠种组合会产生独特的攻击效果，例如双重射手与火炬树桩叠加后可发射火焰豌豆。
墓碑关卡和屋顶场景是叠种策略的优势地形。墓碑模式下需优先清理前五列墓碑，为逃脱树根创造置换空间；屋顶斜坡处则建议在第三列布置坚果墙作为缓冲，为叠种争取时间。面对橄榄球僵尸和铁桶僵尸时，叠种植物应集中在第2-4列，避免首列被快速突破。杨桃（星星果）在多方向叠加时能形成交叉火力网，但需配合窝瓜或土豆雷应对突然出现的跳跳僵尸。
