船只系统是赤壁之战、襄樊之战等水战剧本的核心玩法。解锁船坞后，会自动获得基础舰船走舸，无需额外建造。通过升级船坞，可以解锁更高级的蒙冲、斗舰和楼船，每种船都有独特属性。比如蒙冲适合快速突袭，斗舰能提升攻城值，楼船则强化群体作战能力。水上行军时，记得利用船只的乘浪效果提升20%速度，而猛进技能可消耗30体力实现短距离加速。
船只的改装和操练是提升战力的关键。每次改装需消耗1000战法点，48小时内只能改一次。善水改装适合蜀魏阵营，能临时提升水军适性一级；强攻改装适合满红队伍，可削弱敌方连舫效果。武将水军适性可通过操练点提升，自然增长为100点/小时，战斗或拆耐久也能加速获取。前期建议优先将主力武将练到A级适性，搭配善水改装弥补属性短板。
水战中的资源管理和战术选择很重要。占领锚地能快速恢复士气，附近5格内同盟部队士气回复速度翻倍，战斗后还能立刻恢复50%伤兵。旗舰需消耗同盟资源建造，守军被击败后会自动恢复，但旗舰被毁需重建。注意保护旗舰，它是水战的核心据点。掠敌技术适合门神玩家，战胜后能掠夺资源；焚舟技术则专克连舫，适合攻坚敌方水寨。
船只技术有六种指令，需根据战局灵活切换。掠敌适合前期资源积累，御敌能降低敌方7%伤害，渡江可隐身20格并触发先攻。巡航指令能挂机驻守，提升属性并自动索敌。焚舟和强攻组合能高效破坏敌方连舫，但需精准把握时机。技术切换有48小时冷却，建议提前规划战术。吴国武将普遍水军适性较高，蜀魏阵营需依赖改装和操练弥补差距。优先占领水域关键点，比如桥梁和浅滩，能有效限制敌方行动。多和盟友配合，集中火力攻破敌方旗舰或锚地，能快速瓦解对手防线。
